Genotypowanie jako przykład diagnostyki molekularnej

Szweda, N.; Włodek, A.

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Genotypowanie jako przykład diagnostyki molekularnej

Autorzy

Szweda N. , Włodek A.

Identyfikatory

Warianty tytułu

Genotyping as an example of molecular diagnostics

Języki publikacji

Abstrakty

Badania wykonywane metodą diagnostyki molekularnej są niezwykle precyzyjne. Umożliwiają wczesne wykrycie określonych czynników chorobotwórczych, co z kolei pozwala na sprecyzowanie diagnozy i niezwłoczne wprowadzenie działań terapeutycznych. Szybki rozwój diagnostyki molekularnej sprawił, że obecnie dostępny jest szereg technik diagnostycznych. Wybór techniki zależy od analizowanego problemu (wykrywanie, identyfikacja, typowanie, badania taksonomiczne oraz filogeneza). Metody diagnostyki molekularnej mogą być stosowane w sposób bezpośredni oraz pośredni.

Research carried out by molecular diagnostics is extremely precise. It allows for the early detection of specific pathogens, which in turn enables to clarify diagnosis and the prompt introduction of the therapeutic treatment. The fast development of molecular diagnostics has made a wide range of molecular techniques available right now. The choice of a technique depends on the analyzed problem (detection, identification, selection, taxonomic studies and phylogenetics). Molecular diagnostic methods can be used either directly or indirectly.

Słowa kluczowe

genom diagnostyka medyczna genotypowanie biologia molekularna

genome medical diagnostics genotyping molecular biology

Wydawca

ELAMED Media Group

Czasopismo

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

Rocznik

2016

Tom

nr 9-10

Strony

28--31

Opis fizyczny

Bibliogr. 24 poz., rys.

Twórcy

autor

Szweda N.

Katedra Chorób Wewnętrznych, Diabetologii i Nefrologii, Wydział Lekarski z Oddziałem Lekarsko-Dentystycznym w Zabrzu, Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach

autor

Włodek A.

Instytut Arcana, Kraków

Bibliografia

1. Riesner D., Steger G., Zimmat R., Owens R.A., Wagenhöfer M., Hillen W., Vollbach S., Henco K.: Temperature-gradient gel electrophoresis of nucleic acids: analysis of conformational transitions, sequence variations, and protein-nucleic acid interactions. „Electrophoresis”, 1989,10 (5-6), 377-89.
2. Henco K., Harders J., Wiese U., Riesner D.: Temperature gradientgel electrophoresis (TGGE) for the detection of polymorphic DNA and RNA. „Methods Mol. Biol.”, 1994, 31, 211-28.
3. Newcombe J., Dyer S., Blackman L., Cartwright K., Palmer W.H., McFadden J.: PCR-single-stranded confirmational polymorphism analysis for non-culture-based subtyping of meningococcal strains in clinical specimens. „J. Clin. Microbiol.”, 1997, 35 (7), 1809-12.
4. Yehezkel T.B., Linshiz G., Shapiro E: De novo DNA synthesis using single-molecule PCR. „Methods Mol. Biol.”, 2012, 852,35-47.
5. Urwin R., Maiden M.C.: Multi-locus sequence typing: a toolfor global epidemiology. „Trends Microbiol.”, 2003, 11 (10),479-87.
6. Aanensen D.M., Spratt B.G.: The multilocus sequence typingnetwork: mlst.net. „Nucleic Acids Res.”, 2005, 1, 33.
7. Field D., Wills C.: Long, polymorphic microsatellites in simpleorganisms. „Proc. Biol. Sci.”, 1996, 263, 209-15.
8. Jensen M.A., Webster J.A., Straus N.: Rapid identificationof bacteria on the basis of polymerase chain reaction-amplifiedribosomal DNA spacer polymorphisms. „Appl. Environ.Microbiol.”, 1993, 59 (4), 945-52.
9. Shang S.Q., Dong G.P., Fu J.F., Hong W.L., Du L.Z., Yu X.L.:Molecular diagnosis of the specific DNA patterns of 16S-23SrRNA gene of bacteria. „Zhonghua Er Ke Za Zhi.”, 2003, 41 (9),692-6.
10. Schwartz D.C., Saffran W., Welsh J., Haas R., Goldenberg M.,Cantor C.R.: New techniques for purifying large DNAs andstudying their properties and packaging. „Cold Spring Harb.Symp. Quant. Biol.”, 1983, 47 (1), 189-95.
11. Dawkins H.J., Ferrier D.J., Spencer T.L.: Field inversion gel electrophoresis(FIGE) in vertical slabs as an improved method forlarge DNA separation. „Nucleic Acids Res.”, 1987, 24, 15 (8),3634-5.
12. Gu H., Inselburg J.W., Bzik D.J., Li W.B.: Plasmodium falciparum:analysis of chromosomes separated by contour-clampedhomogenous electric fields. „Exp. Parasitol.”, 1990, 71 (2),189-98.
13. Elhani D., Ben Slama K., Bakir L., Boudabous A., Aouni M.:Multilocus sequence typing compared to PFGE for moleculartyping of extended spectrum beta-lactamase-producingKlebsiella pneumoniae isolates. „Ann. Biol. Clin.”, 2011, 69 (6),742-4.
14. Williams J.G., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A., TingeyS.V.: DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers areuseful as genetic markers. „Nucleic Acids Res.”, 1990, 25,18 (22), 6531-5.
15. Caetano-Anolles G.: Amplifying DNA with arbitrary oligonucleotideprimers. „PCR Methods Appl.”, 1993, 3, 85-94.
16. Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M.: DNA amplificationFingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers. „Biotechnology”, 1991, 9, 553-7.
17. Naumiuk Ĺ., Baraniak A., Gniadkowski M. et al.: Molecular Epidemiology of Serratia marcescens in Two Hospitals in Danzig, Poland, over a 5-Year Period. „J. Clin. Microbiol.”, 2004, 42, 3108-16.
18. Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., van de Lee T., Hornes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., et al.: AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. „Nucleic Acids Res.”, 1995, 11, 23 (21), 4407-14.
19. Mazurek G.H., Reddy V., Marston B.J., Haas W.H., Crawford J.T.: DNA fingerprinting by infrequent-restriction-site amplification. „J. Clin. Microbiol.”, 1996, 34 (10), 2386-90.
20. Masny A., Plucienniczak A.: Fingerprinting of bacterial genomes by amplification of DNA fragments surrounding rare restriction sites. „Biotechniques”, 2001, 31, 930-4, 936.
21. Masny A., Płucienniczak A.: Ligation mediated PCR performed at low denaturation temperatures – PCR melting profiles. „Nucleic Acids Res.”, 2003, 31, 114.
22. Krawczyk B., Leibner-Ciszak J., Stojowska K., Kur J.: The new LM-PCR method for the genotyping of microorganisms based on the use of a class IIS restriction enzyme and ligation mediated PCR. „J. Microbiol. Biotechnol.”, 2011, 21 (12), 1336-44.
23. Mueller U.G., Wolfenbarger L.L.: AFLP genotyping and fingerprinting. „Trends Ecol. Evol.”, 1999, 14, 389-394.
24. van der Wurff A.W.G., Chan Y.L., van Straalen N.M., Schouten J.: TE-AFLP: combining rapidity and robustness in DNA fingerprinting. „Nucleic Acids Res.”, 2000, 28, 10.

Uwagi

Opracowanie ze środków MNiSW w ramach umowy 812/P-DUN/2016 na działalność upowszechniającą naukę.

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-568ad597-94de-45d1-a3a3-cfeef745eaab