Różnorodność mikroflory wód oraz metody jej detekcji

Cieniuch, G.; Guz-Regner, K.

Artykuł - szczegóły

Tytuł artykułu

Różnorodność mikroflory wód oraz metody jej detekcji

Autorzy

Cieniuch G. , Guz-Regner K.

Identyfikatory

Warianty tytułu

Diversity of water microflora and its detection methods

Języki publikacji

Abstrakty

W naturalnych wodach występuje duża różnorodność mikroorganizmów. Większość z nich znajduje się w stanie VNBC, niedającym się hodować. Generalnie detekcja bakterii w środowisku wodnym jest możliwa dzięki technikom molekularnym (metagenomika, FISH, metatranskrytomika), ale dają one jedynie informacje o poziomie zróżnicowania genetycznego i biochemicznego szczepów środowiskowych. Zaawansowane techniki hodowli in situ, zwłaszcza symulujące naturalne środowisko (komory dyfuzyjne, ichips), ko-kultury czy techniki mikrohodowli pojedynczych komórek w systemie mikroprzepływów kropelkowych (MSP), mogą mieć szerokie zastosowanie zarówno w detekcji i izolacji szczepów bakterii dotąd niehodowlanych, jak również w badaniach ekologicznych.

In natural waters a large diversity of microorganisms may occur. The majority of them are in the VNBC state and can not be cultured. The detection of bacteria from water samples is possible by using molecular techniques (metagenomics, FISH, metatranscriptomics), however they provide only information about the level of the genetic and biochemical diversity of environmental strains. The advanced cultivation in situ strategies, especially the ones simulating natural environment (diffusion chambers, ichips), co-cultures or single-cell cultivation in the droplet microfluidation system (MSP) can be used both for the detection and isolation of so far non-cultivable bacterial strains as well as for ecological research.

Słowa kluczowe

różnorodność mikroflory wód mikroflora wód detekcja bakterii środowiskowych bakterie środowiskowe

diversity of water microflora water microflora environmental bacteria detection environmental bacteria

Wydawca

ELAMED Media Group

Czasopismo

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

Rocznik

2018

Tom

nr 3

Strony

22--28

Opis fizyczny

Bibliogr. 24 poz., rys., tab.

Twórcy

autor

Cieniuch G.

Zakład Mikrobiologii, Instytut Genetyki i Mikrobiologii, Uniwersytet Wrocławski

autor

Guz-Regner K.

Zakład Mikrobiologii, Instytut Genetyki i Mikrobiologii, Uniwersytet Wrocławski

Bibliografia

1. Pedros-Alio C.: Marine microbial diversity: can it be determined? „Trend. Microbiol.”, 2006, 14 (6), 257-262.
2. Lewis K. i wsp.: Uncultured microorganisms as a source of secondary metabolites. „J. Antibiot.”, 2010, 1-9.
3. Rastogi G., Sani R.K.: Molecular techniques to assess microbial community structure, function, and dynamics in the environment. [In:] Microbes and Microbial Technology: Agricultural and Environmental Applications. Ahmed I., Ahmad F., Pichtel J. (ed), Springer, 2011, 29-57.
4. Stewart E.J.: Growing unculturable bacteria. „J. Bacteriol.”, 2012, 194 (16), 4151-4159.
5. Abbasian F., Ghafar-Zadeh E., Magierowski S.: Microbiological Sensing Technologies: A Review. „Bioeng.”, 2018, 5 (20), 1-33.
6. Epstein S.S.: The phenomenon of microbial uncultivability. „Curr. Opnion. Microbiol.”, 2013, 16, 636-642.
7. Jiang C.Y. i wsp.: High throughput single-cell cultivation on microfluidic streak plates. „App. Environ. Microbiol.”, 2016, 82 (7), 2210-2217.
8. Kaminski T.S., Scheler O., Garstecki P.: Droplet microfluidics for microbiology: techniques, applications and challenges. „Lab. Chip.”, 2016, 16, 2168-2187.
9. Lodhi A.F., Zhang Y., Adil M., Deng Y.: Antibiotic discovery: combining isolation chip (ichip) technology and co-culture technique. „Appl. Microbiol. Biotech.”, 2018, 1-9.
10. Vartoukian S.R., Palmer R.M., Wade W.G.: Strategies for culture of unculturable bacteria. „FEMS Microbiol. Lett.”, 2010, 309, 1-7.
11. Logue J.B., Burgmann H., Robinson C.T.: Progress in the ecological genetics and biodiversity of freshwater bacteria. „BioSciec.”, 2008, 58 (2), 103-113.
12. Kołwzan B.: Podstawy mikrobiologii w ochronie środowiska. Wyd. Politech. Wrocł., 2005, 53-55.
13. Paszyńska-Wesołowska I., Bartoszcze M.: Bakterie w stadium VBNC – zagrożenie dla zdrowia człowieka. „Med. Wet.”, 2009, 65 (4), 228-231.
14. Domagała M.: Analiza ilościowa heterotroficznych bakterii i grzybów w torfowisku metodami hodowlanymi. Praca magisterska, Uniwersytet Wrocławski, 2018 (promotor: dr Guz-Regner K.).
15. Rudy P.: Ocena aktywności mikroorganizmów w obiegu azotu w środowisku bagiennym technikami NPL. Praca licencjacka, Uniwersytet Wrocławski, 2018 (promotor: dr Guz-Regner K.).
16. Hubas C. i wsp.: Tools providing new insight into coastal anoxygenic purple bacterial mats: review and perspectives. „Res. Microbiol.”, 2011, 162, 858-868.
17. Masse A., Pringault O., de Wit R.: Experimental Study of Interactions between Purple and Green Sulfur Bacteria in Sandy Sediments Exposed to Illumination Deprived of Near-Infrared Wavelengths. „Appl. Environ. Microbiol.”, 2002, 68 (6), 2972-2981.
18. Rindi F.: Diversity, distribution and ecology of green algae and cyanobacteria in urban habitats. [In:] Algae and Cyanobacteria in extreme environments (ed. Seckbach J.). Spring, 2007, 619-638.
19. Fleming E.J. i wsp.: What’s New Is Old: Resolving the Identity of Leptothrix ochracea Using Single Cell Genomics, Pyrosequencing and FISH. „PLoS ONE”, 2011, 6 (3), 1-10.
20. Bomar L. i wsp.: Directed Culturing of Microorganisms Using Metatranscriptomics. „mBio”, 2011, 2 (2), 1-8.
21. Nichols D. i wsp.: Use of Ichip for high-throughput in situ cultivation of uncultivable microbial species. „Appl. Environ. Microbiol.”, 2010, 76 (8), 2445-2450.
22. Jiang C.Y. i wsp.: High-Throughput Single-Cell Cultivation on Microfluidic Streak Plates. „Appl. Environ. Microbiol.”, 2016, 82 (7), 2210-2218.
23. Pulschen A.A. i wsp.: Isolation of Uncultured Bacteria from Antarctica Using Long Incubation Periods and Low Nutritional Media. „Front. Microbiol.”, 2017, 8, 1-12.
24. Ramírez-Castillo F.Y. i wsp.: Waterborne Pathogens: Detection Methods and Challenges. „Pathogens”, 2015, 4, 307-334.

Uwagi

Opracowanie rekordu w ramach umowy 509/P-DUN/2018 ze środków MNiSW przeznaczonych na działalność upowszechniającą naukę (2018).

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.baztech-54a624d2-2447-4072-88ba-4cf56416c197