Zastosowanie technik sekwencjonowania nowej generacji w wirusologii

• Autorzy: Janiak P.

Warianty tytułu

EN

Application of new generation sequencing techniques in virology

• Języki publikacji: PL EN

Abstrakty

PL

Technologie sekwencjonowania nowej generacji dowiodły swojej przydatności w wielu dziedzinach nauk medycznych. Dzięki wysokiej wydajności i czułości znalazły szczególne zastosowanie w diagnostyce wirusologicznej. Z powodzeniem wykorzystywane są m.in. w badaniach nad zmiennością genetyczną i mechanizmami oporności na leczenie wirusa zapalenia wątroby typu C (HCV).

EN

The next generation sequencing technologies have proved their usefulness in many fields of medical science. Due to high throughput and sensitivity thay have been particularly applied in diagnostic virology. They have been successfully used in research of genetic variability and drug resistance mechanisms of hepatitis C virus.

Słowa kluczowe

PL

głębokie sekwencjonowanie; sekwencjonowanie nowej generacji; quasispecies; bioinformatyka; NGS; HCV

EN

deep sequencing; next generation sequencing; quasispecies; bioinformatics; NGS; HCV

• Wydawca: ELAMED Media Group
• Czasopismo: Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
• Rocznik: 2015
• Tom: nr 5-6
• Strony: 24--30
• Opis fizyczny: Bibliogr. 23 poz., rys.

Twórcy

autor

Janiak P.

• Krajowa Izba Diagnostów Laboratoryjnych (National Chamber of Medical Laboratory Specjalists)

Bibliografia

• 1. Yadav N.K., Shukla P., Omer A., Pareek S., Singh R.K.: Next generation sequencing potential and application in drug discovery, „Scientific World Journal”, 2014, Feb 5, 2014, 2014:802437.
• 2. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R.: DNA sequencing with chainterminating inhibitors. „Proceedings National Academy of Sciences USA”, 1977, 74, 5463-5467.
• 3. Barzon L., Lavezzo E., Franchin E., Toppo S., Palu G.: Next-generation sequencing technologies in diagnostics virology. „Journal of Clinical Virology”, 2013, 58, 346-350.
• 4. Schadt E.E., Turner S., Karski A.: A window into third-generation sequencing. „Hum. Mol. Genet.”, 2010, 19, R227-R240.
• 5. Metzker M.L.: Sequencing Technologies – the next generation. „Nat. Rev. Genet.”, 2010, 11, 31-46.
• 6. Lin Liu, Yinhu Li, Siliang Li, Ni Hu, Yimin He, Ray Pong, Danni Lin, Lihua Lu, Maggie Law: Comparsion of next-generation sequencing systems. „Journal of Biomedicine and Biotechnology”, 2012.
• 7. Beerenwinkel N., Günthard H.F., Roth V., Metzner K.J.: Challenges and opportunities in estimating viral genetic diversity from next-generation sequencing data. „Frontiers in Microbiology”, 2012, September, Vol. 3.
• 8. MacLean D., Jones J.D., Studholme D.J.: Application of “next-generation” sequencing technologies to microbial genetics. „Nat. Rev. Microbiol.”, 2009, 7, 287-296.
• 9. Ansorge W.J.: Next generation DNA sequencing techniques. „N. Biotechnol.”, 2009, 25, 195-203.
• 10. Negredo A., Palacios G., Vazquez-Moron S., Gonzalez F., Dopazo H., Molero F., et al.: Discovery of a ebolavirus-like filovirus in Europe. „PLoS Pathog.”, 2011; 7:e1002304.
• 11. Tebit D.M., Arts E.J.: Tracking of global expansion and evolution of HIV to drive understanding and to combat disease. „Lancet Infect. Dis.”, 2011; 11: 45-56.
• 12. Renzette N., Bhattacharjee B., Jensen J.D., Gibson L., Kowalik T.F.: Extensive genom-wide variability of human cytomegalovirus in congenitally infected infants. „PLoS Pathog.”, 2011; 7:e1001344.
• 13. Tang P., Chiu C.: Metagenomics for the Discovery of novel human viruses. „Future Microbiol.”, 2010, 5, 177-189.
• 14. Barzon L., Lavezzo E., Toppo S., Palu G.: Applications of next-generation sequencing technologies in diagnostics virology. „Int. J. Mol. Sci.”, 2011, 12, 7861-7884.
• 15. Palacios G., Druce J., Du L., Tran T., Birch C., Briese T., Conlan S., Quan P., Hui J., Marshall J., Simons JF., Egholm M., Paddock CD., Shieh WJ., Goldsmith CS., Zaki SR., Catton M., Lipkin WI. A new arenavirus in a cluster of fatal transplant-associated diseases. N Engl „J. Med.”, 2008 Mar 6; 358(10): 991-8.
• 16. Choo Q.L., Kuo G., Weiner A.J., Overby L.R., Bradley E.W. et al.: Isolation of a cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genom. „Science”, 1989, 244: 359-362.
• 17. Gower E., Estes C., Blach S., Razavi-Shearer K., Razavi H.: Global epidemiology and genotype distribution of the hepatitis C virus infection. „Journal of Hepatology”, 2014, Vol. 61, 45-57.
• 18. Campo D.S., Dmitrova Z., Yamasaki L., Skums P., Daryl TY Lau, Voughan G., Forbi J.C., Chong-Gee Teo, Khudyakov Y.: Nextgeneration sequencing reveals large connected networks of intra-host HCV variants. „BMC Genomics”, 2014, 15 (Suppl 5): S4.
• 19. Nasu A., Marusawa H., Ueda Y., Nishijima N., Takahashi K., et al.: Genetic heterogenity of hepatitis C virus in association with antiviral therapy determined by ultr-deep sequencicn. „PLoS ONE”, 2011, 6(9) e:24907.
• 20. Lange M., Fiedler M., Bankwitz D., Osburn W., Viazov S., Brovko O., Abdel-Rahman Zekri, Khudyakov Y., Nassal M., Pumpens P., Pietschmann T., Timm J., Roggendorf M., Walker A.: Hepatitis C Virus Hypervariable Region 1 Variants Presented on Hepatitis B Virus Capsid-Like Particles Induce Cross-Neutralizing Antibodies. PLoS One. 2014 Jul 11; 9(7).
• 21. Cortes K.C. et al.: Ultradeep Pyrosequencing of Hepatitis C Virus Hypervariable Region1 in Quasispecies Analysis. „BioMed Research International”, Vol. 2013.
• 22. Farci P., Strazzera R., Alter H.J., Farci S., Degioannis D. et al.: Early changes in hepatitis C Vidal quasispecies Turing interferon therapy predict the therapeutic outcome. „Proc. Natl. Acad. Sci.”, 2002, USA: 3081-3086.
• 23. Rowena A. Bull, Fabio Luciani, Kerensa McElroy, Silvana Gaudieri, Son T. Pham, Abha Chopra, Barbara Cameron, Lisa Maher, Gregory J. Dore, Peter A. White, and Andrew R. Lloyd. Sequential Bottlenecks Drive Viral Evolution in Early Acute Hepatitis C Virus Infection. PLoS Pathog, 2011 Sep.7(9).

Uwagi

PL

Tekst artykułu w j. polskim i j. angielskim.