PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
Tytuł artykułu

Dynamics of knotted and entangled proteins

Autorzy
Wybrane pełne teksty z tego czasopisma
Identyfikatory
Warianty tytułu
Języki publikacji
EN
Abstrakty
EN
We provide a brief overview of the topological features found in proteins and of the dynamical processes that involve knots and entanglements. Many of the theoretical results discussed here have been obtained through molecular dynamics simulations in coarse-grained models.
Słowa kluczowe
Czasopismo
Rocznik
Strony
3--8
Opis fizyczny
Bibliogr. 55 poz., rys.
Twórcy
autor
  • Institute of Physics, Polish Academy of Sciences
Bibliografia
  • [1] M. L. Mansfield, Nature Struct. Biol. 1, 213–214 (1994)
  • [2] M. L. Mansfield, Nature Struct. Mol. Biol. 4, 166–167 (1997)
  • [3] W. R. Taylor, Nature 406, 916–919 (2000).
  • [4] J. W. Alexander and G. B. Briggs, Ann. Math. Second Series 28, 562–586 (1927).
  • [5] K. Koniaris and M. Muthukumar, Phys. Rev. Lett. 66, 2211–2214 (1991).
  • [6] T. Bornschloegl, D. M. Anstrom, E. Mey, J. Dziubiella, M. Rief, and K. T. Forest, Biophys. J. 96, 1508–1514 (2009).
  • [7] J. I. Sułkowska, P. Sułkowski, P. Szymczak, and M. Cieplak, Phys. Rev. Lett. 100, 058106 (2008).
  • [8] W. Taylor, Comp. Biol. and Chem., 31, 151–162 (2007).
  • [9] P. Virnau, L. A. Mirny, and M. Kardar, PLoS Comput. Biol. 2, e122 (2006).
  • [10] J. I. Sułkowska, E. J. Rawdon, K. C. Millet, J. N. Onuchic, and A. Stasiak, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 109, E1715–E1723 (2012).
  • [11] M. Jamroz, W. Niemyska, E. J. Rawdon, A. Stasiak, K. C. Millet, P. Sułkowski, and J. I. Sułkowska, Nucl. Acids Res. 43, D306–D314 (2015).
  • [12] D. Bolinger, J. I. Sułkowska, H. P. Hsu, L. A. Mirny, M. Kardar, J. N. Onuchic, and P. Virnau, PLoS Comput. Biol. 6, e1000731 (2010).
  • [13] M. Baiesi, E. Orlandini, A. Trovato, and F. Seno, Sci. Rep., 6, 33872 (2016).
  • [14] Y. Zhao, M. Chwastyk, and M. Cieplak, J. Chem. Phys. 146, 225102 (2017).
  • [15] Y. Zhao and M. Cieplak, Proteins: Struct. Funct. Bioinf. (in press).
  • [16] R. L. Ricca and B. Nipoti, J. KnotFeory and Its Ramif., 20, 1325–1343 (2011).
  • [17] D. R. Boutz, D. Cascio, J. Whitelegge, L. J. Perry, and T. O. Yeates, (2007) J. Mol. Biol., 368, 1332–1344 (2007).
  • [18] P. Dabrowski-Tumanski, A. I. Jarmolinska, W. Niemyska, E. J. Rawdon, K. C. Millet, J. I. Sułkowska, Nucl. Acids Res. 45, D243–D249 (2016); linkprot.cent.uw.edu.pl.
  • [19] P. Dabrowski-Tumanski and J. I. Sułkowska, Proc. Natl. Acad. Sci. 114, 3415–3420 (2017).
  • [20] P. Freyd, D. Yetter, J. Hoste, W. R. Lickorish, K. Millet, and A. Ocneanu, Bull.Am. Math. Soc. 12, 239–246 (1985).
  • [21] J. H. Przytycki and P. Traczyk, Kobe J. Math. 4, 115-139 (1988).
  • [22] D. J. Craik, N. L. Dally, and C. Waine, Toxicon, 39, 43–60 m(2001).
  • [23] M. Sikora and M. Cieplak, Proteins: Struct., Funct., and Bioinf. 79, 1786–1799 (2011).
  • [24] M. Sikora, J. I. Sułkowska, and M. Cieplak, PLoS Comp. Biol., 5, e1000547 (2009).
  • [25] E. Haglund, J. I. Sułkowska, K. Noel, H. Lammert, J. N. Onuchic, and P. A. Jennings, PLoS Comp. Biol., 10, e1003613 (2014).
  • [26] T. X. Hoang and M. Cieplak, J. Chem. Phys. 112, 6851–6862 (2000).
  • [27] M. Cieplak and T. X. Hoang, Biophys. J., 84(1), 475–488 (2003).
  • [28] J. I. Sułkowska and M. Cieplak, J. Phys.: Condensed Matter, 19, 283201 (2007).
  • [29] M. Cieplak, Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes – From Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics. Edited by A. Liwo (Springer, Berlin, Heidelberg), 295–315 (2014).
  • [30] K. Wołek, Á. Gómez-Sicilia, and M. Cieplak, J. Chem. Phys., 143, 243105 (2015).
  • [31] K. Wołek and M. Cieplak, J. Chem. Phys., 144(18), 185102 (2016).
  • [32] L. Mioduszewski and M. Cieplak, Phys. Chem. Chem. Phys. 20, 19057–19070 (2018).
  • [33] C. Clementi, H. Nymeyer, and J. N. Onuchic, J. Mol. Biol. 298, 937–953 (2000).
  • [34] G. Settanni, T. X. Hoang, C. Micheletti, and A. Maritan, 1002 Biophys. J. 83 3533–3541.
  • [35] E. A. Bayer, R. Kenig, and R. Lamed, J. Bacteriol. 2, 818–827 (1983).
  • [36] M. Gannoo et al. Adv. Mat. 28, 5619–5647 (2016).
  • [37] A. Valbuena, J. Oroz, R. Hervas, A. M. Vera, D. Rodriguez, M. Menendez, J. I. Sułkowska, M. Cieplak, and M. Carrion-Vazquez, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 106, 13791–13796 (2009).
  • [38] H. Lu and K. Schulten, J. Chem. Phys. 247, 141–153 (1999).
  • [39] H. T. Young, S.A. Edwards, and F. Graeter, PLoS ONE 8, e64746 (2013).
  • [40] M. Sikora and M. Cieplak, Phys. Rev. Lett. 109, 208101 (2012).
  • [41] L. Pepłowski, M. Sikora, W. Nowak, and M. Cieplak, J. Chem. Phys. 134, 085102 (2011).
  • [42] J. I. Sułkowska, P. Sułkowski, P. Szymczak, and M. Cieplak, J. Am. Chem. Soc. 132, 13954–13956 (2010).
  • [43] Y. Zhao, M. Chwastyk, and M. Cieplak, Sci. Rep. 7, 39851 (2017).
  • [44] B. T. Andrews, D. T. Capraro, J. I. Sułkowska, J. N. Onuchic, and P. A. Jennings, J. Phys. Chem. Lett. 4, 180–188 (2012).
  • [45] S. Wallin, K. B. Zeldovich, and E. I. Shakhnovich, J. Mol. Biol. 368, 884–893 (2007).
  • [46] P. Virnau, A. Mallam, and S. E. Jackson, J. Phys.: Condens. Matter 23, 033101 (2011).
  • [47] J. I. Sułkowska, P. Sułkowski, and J. Onuchic, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106(9), 3119–3124 (2009).
  • [48] S. E. Jackson, A. Suma, and C. Micheletti, Curr. Opin. Struct. Biol. 42, 6–14 (2017).
  • [49] Y. Zhao, P. Dąbrowski-Tumański, S. Niewieczerzał, and J. I. Sułkowska, Fe exclusive e×ects of chaperonin on the behavior of proteins with 52 knot, PLoS Comp. Biol. 14, e1005970 (2018).
  • [50] M. Chwastyk and M. Cieplak, J. Phys.: Cond. Matter 27, 354105 (2015).
  • [51] S. a Beccara, T. Skrbic, R. Covino, C. Micheletti, and P. Faccioli, PLoS Comput. Biol. 9, e1003002 (2013).
  • [52] M. Chwastyk and M. Cieplak, J. Chem. Phys. 143, 045101 (2015).
  • [53] J. Petruska, M. J.. Hartenstine, and M. F. Goodman, J. Biol. VChem. 273, 5204–5210 (1998).
  • [54] Á. Gómez-Sicilia, M. Sikora, M. Cieplak, and M.Carrion-Vázquez, PLoSComput. Biol. 11, e1004541 (2015).
  • [55] M. Wojciechowski, Á. Gómez-Sicilia, M. Carrion-Vázquez, and M. Cieplak, Mol. BioSyst. 12, 2700–2712 (2016).
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.baztech-34919c55-fd9b-4e81-948c-4100c8ea1e69
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.