Visualizing the high-resolution models and microscopic images using web-based systems

• Autorzy: Dudek K. J. , Bożek O.

Warianty tytułu

PL

Wizualizacja modeli i obrazów mikroskopowych w wysokiej rozdzielczości z wykorzystaniem systemów opartych o sieć web

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

Despite the ongoing automation of image processing and analysis, the need of manual browsing, i. e. visual examination has not diminished. The following article presents a dynamic and highly efficient method of presenting and streaming the large resolution images, using the Linux web-based front-end, built on top of the IIP Image library and tools. This kind of approach solves the problem of local storage and duplication of results, as well as allows a wider group of users to browse and annotate the images. The central image repository, dedicated for managing significant amount of data, has a variety of potential applications, both in research and in teaching. Taking a step sideways, this paper is meant to walk through the initial work and plans related to applying IIP Image in metallurgical imaging, current applications on other fields and suggested teaching scenarios. The system description is followed by a brief performance analysis.

PL

Mimo szybko postępującego rozwoju automatyzacji przetwarzania obrazów, w dalszym ciągu zachodzi potrzeba analizy wizualnej. Praca z obrazami oznacza jednakże przetwarzanie danych o znacznej objętości. Metody generowania, zapisu i przechowywania obrazów są uznawane za detal techniczny, co prowadzi do wykorzystywania nieoptymalnych i nieprzenośnych narzędzi, utrudniających wymianę i prezentowanie informacji w formie obrazów. Poprawa tej sytuacji umożliwiłaby łatwiejszą współpracę (między zespołami i oprogramowaniem), otwierając przy okazji szereg dodatkowych możliwości. Podejmując temat związany' z technicznym zapleczem działalności badawczej, niniejsza praca przedstawia sugerowane rozwiązanie tej zaniedbanej kwestii, oferując system oparty na serwerze obrazów IIP Image, konwerterze VIPS i platformie Apache w środowisku Linux. Opisowi systemu towarzyszy dyskusja nad responsywnością oraz przydatnością w dydaktyce.

Słowa kluczowe

EN

imaging; visualization; iipsrv; modeling

• Wydawca: Wydawnictwa AGH
• Czasopismo: Computer Methods in Materials Science
• Rocznik: 2015
• Tom: Vol. 15, No.3
• Strony: 427--434
• Opis fizyczny: Bibliogr. 8 poz., rys.

Twórcy

autor

Dudek K. J.

• Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica, al. A. Mickiewicza 30, 30-059 Kraków, Poland

autor

Bożek O.

• Studenckie Koło Naukowe przy Katedrze i Zakładzie Patomorfologii Wydziału Lekarskiego Śląski Uniwersytet Medyczny, Katowice

Bibliografia

• Bertin, E., Pillay, Ruven, Marmo, C, 2015, Web-Based Visuali¬zation of Very Large Scientific Astronomy Imagery, As¬tronomy & Computing, 10, 43-53.
• Husz, Z., 2008, IIP extension for Woolz sectioning, J. Applied Mechanics, 50, 921-934.
• IIP Image Server Introduction, 2013, available online at: http://iipimage.sourceforge.net/documentation/server/, accessed: 14.12.2014.
• Khelou, A, 2008, DOW Partbooks Reader, MUMT-502 Project Report, 1.
• Murray, P., 2015, JPEG2000 to Zoomify Shim — Creating JPEG tiles from JPEG2000 images, available online at: http://dltj.org/article/introducing-j2ktilerenderer/, ac¬cessed: 2.03.2015.
• Pitzalis, D., Pillay, Ruven, Lahanier, C, 2006, A New Concept in High Resolution Internet Image Browsing, Digital Spectrum: Integrating Technology and Culture, 1, 291-298.
• Rollus, L., 2014, Cytomine Version Control Repository at Github, available online at: https://github.com/cytomine, accessed: 20.12.2014. Virtual slide formats understood by OpenSlide, 2011, available online at: http://openslide.org/formats/, accessed:7.02.2015.
• Zhao, D., Qiao, K., Raicu, I., 2015, Towards Cost-Effective and High-Performance Caching Middleware for Distributed Systems, International Journal of Big Data Intelligence, Special Issue on High Performance Data Intensive Computing (1).