Drzewa filogenetyczne jako przydatne narzędzie w procesie identyfikacji mikroorganizmów - cz. II

• Autorzy: Cal-Bąkowska M. , Wernecki M.

Warianty tytułu

EN

Phylogenetic trees as a useful tool in the process of microorganism identification - part II

• Języki publikacji: PL EN

Abstrakty

PL

Badając nowe środowiska, coraz cześciej znajdujemy nowe gatunki, których nie jesteśmy w stanie prostymi metodami mikro- i makroskopowymi czy też biochemicznymi zaliczyć do żadnej ze znanych nam grup. Bardzo czesto znajdujemy się również w sytuacji, w której musimy szybko oznaczyć grupę mikroorganizmów co do gatunku i określić ich wzajemne pokrewieństwo oraz zidentyfikować przynależność gatunkową. Bardzo dobrym i szybkim sposobem na rozwiązanie tych naukowych wyzwań jest wykorzystanie genetyki do szybkiej i pewnej identyfikacji badanych szczepów. W efekcie możemy stworzyć drzewo filogenetyczne, które jest wizualizacją analizy porównawczej badanych przez nas sekwencji oraz niesie ze sobą wiele informacji na temat podobieństwa badanych organizmów i ewolucyjnych zależności pomiędzy nimi.

EN

While studying new environments, more and more frequently we find new species which cannot be classified into any of the groups known to us using simple micro-, macroscopic , or biochemical methods. We also freqently find our regarding its species, as well as determine their mutual kinship and identity species affiliation. A very good and quick way to solve these scientific challenges is to use genetics for quick and certain identification of the studied strains. As a result we can create a phylogenetic tree, which constitutes a visualization of the comparative analysis of the sequences studied organisms and evolutional dependencies between them.

Słowa kluczowe

PL

genetyka; drzewo filogenetyczne; identyfikacja mikroorganizmów; bioinformatyka

EN

genetics; phylogenetic trees; identification of microorganisms; bioinformatics

• Wydawca: ELAMED Media Group
• Czasopismo: Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
• Rocznik: 2016
• Tom: nr 7-8
• Strony: 22--25
• Opis fizyczny: Bibliogr. 7 poz., rys., wykr.

Twórcy

autor

Cal-Bąkowska M.

• Zakład Genetyki, Instytut Genetyki i Mikrobiologii, Wydział nauk Biologicznych, Uniwersytet Wrocławski

autor

Wernecki M.

• Zakład Genetyki, Instytut Genetyki i Mikrobiologii, Wydział nauk Biologicznych, Uniwersytet Wrocławski

Bibliografia

• 1. Patwardhan A., Ray S., Roy A.: Molecular Markers in Phylogenetic Studies. A Review "Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology", 2014, 2.
• 2. Spalik K., Piwczyński M.: Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjnyc. "Kosmos", 2009, 58, 3-4, 485-498.
• 3. Yang Z., Rannala B.: Molecular phylogenetics: principles and practice. "Nature Reviews Genetics", 2012, 13, 5, 303-314.
• 4. Posada D.: jModelTest: phylogenetic model averaging. "Molecular Biology and Evolution", 2008, 25, 7, 1253-1256.
• 5. Sleator R. D..: A Beginner's Guide to Phylogenetics. "Microbial Ecology", 2013, 66, 1, 1-4.
• 6. Holder M., Lewis P. O.: Phylogeny estimation: traditional and Bayesian approaches. "Nature Reviews Genetics", 2003, 4, 4, 275-284.
• 7. Whelan S., Lio P., Goldman N.: Molecular phylogenetics: state-of-the-art methods for looking into the past. "Trends on Genetics", 2001, 17, 5, 262-272.

Uwagi

PL

Opracowanie ze środków MNiSW w ramach umowy 812/P-DUN/2016 na działalność upowszechniającą naukę