Identyfikacja epitopów glikanowych na powierzchni białek

• Autorzy: Mudlaff K. , Drabik A.

Warianty tytułu

EN

Identification of glycanic epitopes on the surface of proteins

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Najczęściej występującym nowotworem złośliwym u kobiet jest rak piersi, w przypadku którego etiologia w większości przypadków jest nieznana. Celem pracy była identyfikacja epitopów glikanowych na powierzchni białek ognisk tumorowych. Do badań prowadzono hodowlę komórek linii MCF7. Po zakończeniu hodowli komórki inkubowano z biotynylowanymi aptamerami o stężeniu 25nM: A33, A26 oraz A33sc, stanowiącą próbę kontrolną. Następnie komórki traktowano nanocząsteczkami magnetycznymi opłaszczonymi białkiem streptawidyną SAV-MB. Stężenie protein oznaczono spektrofotometrycznie metodą Bradforda. Dalszy rozdział białek przeprowadzono w warunkach denaturujących SDS – PAGE na żelach wybarwianych techniką Pro-Q 488 Emerald Glycoprotein Gel. Peptydy i glikopeptydy zanalizowano przy użyciu systemu kapilarnej chromatografii cieczowej w układzie odwróconych faz RP oraz tandemowej spektrometrii mas – nanoLC-MS/MS. Zebrane widma poddano analizie przy użyciu oprogramowania Data Analysis w oparciu o bazy danych UniProt/Swiss-Prot oraz Panther. Zidentyfikowano łącznie 201 białek. Wyniki analiz MS/MS pozwoliły na wyróżnienie dwóch peptydów, które ze względu na pełnione funkcje oraz zachodzące interakcje wydają się być ciekawym i obiecującym obiektem badań w diagnostyce i terapii nowotworowej. Do oznaczonych związków należą: KIF 13B (Kinesin- like protein) i HS90 B (Heat Shock protein).

EN

The most commonly occurring tumor in women is breast cancer, which etiology is in most cases unknown. The aim of this work was identification of glycanic epitopes on the surface of tumor centers. For the research purposes, the cell culture of MCF lines was carried out. After the culture the cells were incubated with biotinylated aptamers in concentrations of 25 nM: A33, A26 and A33sc, which was the control sample. Afterwards, the cells were treated with magnetic nanoparticles coated with the protein streptavidin SAV-MB. The protein concentration was indentified spectrophotometrically using the Bradford method. The further protein separation was carried out in SDS-PAGE denaturating conditions on gels stained with the Pro-Q 488 Emerald Glycoprotein Gel. Peptides and glycopeptides were analyzed with the use of capillary liquid chromatography system in reversed phase (RP) and nanoLC-MS/MS tandem mass spectrometry. The assembled spectra underwent an analysis in the Data Analysis software using the UniProt/Swiss-Prot and Panther data. The total of 201 proteins was indentified. The MS/MS analyses results allowed to distinguish two peptides, which – basing on their functions and occurring interactions – seem to be an interesting and promising research subject in cancer diagnostics and treatment. The indentified compounds include KIF 13B (Kinesin-like protein) and HS90 B (Heat Shock Protein).

Słowa kluczowe

PL

rak piersi; aptamer; biomarkery

EN

breast cancer; aptamer; biomarkers

• Wydawca: Katedra Chemii Analitycznej, Wydział Inżynierii Materiałowej i Ceramiki, Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie
• Czasopismo: Analit
• Rocznik: 2016
• Tom: Nr 2
• Strony: 156--163
• Opis fizyczny: Bibliogr. 27 poz., rys.

Twórcy

autor

Mudlaff K.

• AGH Akademia Górniczo-Hutnicza, Wydział Inżynierii Materiałowej i Ceramiki, al. Mickiewicza 30, 30-059 Kraków

autor

Drabik A.

• AGH Akademia Górniczo-Hutnicza, Wydział Inżynierii Materiałowej i Ceramiki, al. Mickiewicza 30, 30-059 Kraków

Bibliografia

• [1] Gatta G., van der Zwan J. M., Casali Paolo G. 2011. Rare cancers are not so rare: The rare cancer burden in Europe. Eur. J. Cancer, 47 (17): 2493-2511
• [2] Chmielarczyk W., Galicka M., Kamińska G., Szymańska W., 2009. „Minimum Onkologiczne” dla lekarzy specjalizujących się w medycynie rodzinnej, skrypt. Warszawa SPEO Centrum Onkologii Instytut im. M. Skłodowskiej-Curie
• [3] Kordek R., Jassem J., Jeziorski A., Kornafel J., Krzakowski M., Powlęga J., 2013. Onkologia, podręcznik dla studentów, Via Medica, Gdańsk
• [4] Pietrowska M., 2009. Markery nowotworowe badane metodami proteomiki w osoczu i surowicy krwi. Biotechnologia, 2(85) 39-53
• [5] Krzywonos A., 2010. Rola badań proteomicznych w diagnostyce klinicznej. Journal of Laboratory Diagnostic, 46 (4) 411-114
• [6] Siedlecki J. A, Limon J.: Choroby nowotworowe. [w:] Bala J (red.): Biologia molekularna w medycynie. PWN, Warszawa 2007; 336-397
• [7] Siedlecki J. A, 2011. Diagnostyka molekularna nowotworów. Postępy Nauk Medycznych 2 88-93
• [8] Soborczyk A., Deptała A., 2007. Markery nowotworowe w praktyce klinicznej. Choroby Serca i Naczyń, 4 (4) 184–189
• [9] Płodzich A., 2013. Proteomics and its application in selected diseases. Journal of Transfusion Medicine 6 (2) 48–59
• [10] Kossakowska B., Dudka I., Gancarz R., Antonowicz-Juchniewicz J. 2009. Analiza proteomiczna profili białkowych w niektórych stanach patologicznych ludzkiego organizmu. Postepy Hig Med Dosw. 63: 549-563
• [11] Haier J., Nicolson G. L., (2000), Clin. Exp. Metastasis, 18(8), 623-638
• [12] Offersen B. V., Alsner J., Ege Olsen K., Riisbro R., Brünner N., Sorensen F. B., Sorensen B. S., Schlemmer B. O., Overgaard J., (2008), Acta Oncol., 47(4), 618-632
• [13] Kraj A., Drabik A., Silberring J. 2010. Proteomika i metabolomika [w:] Proteomika kliniczna Bodzoń-Kułakowska A. 379-387
• [14] Surman M., Janik M. 2014. Regulacja procesu glikozylacji białek przez kaskadę cAMP. Postępy Biochemii 60 (3) 305-311
• [15] Kim P. J., Lee D. Y., Jeong H. 2009. Centralized modularity of N-linked glycosylation pathways in mammalian cells. PLoS (4): e7317
• [16] Śliwa-Dominiak J., Depuła W. 2014. Udział glikoprotein w odporności. Post. Biol. Kom. 37 (3) 571-583
• [17] Van Kooyk Y., Rabinovich G. A. 2008. Protein-glycan interactions in the control of innate and adaptive immune responses. Nat Immunol. 9(6):593-601
• [18] Hames D., Hooper N. 2012. Biochemia. PWN
• [19] Kłyszejko-Stefanowicz L. 2002. Cytobiochemia. PWN
• [20] Jensen O. N. Modification-specific proteomics: characterization of post-translational modifications by mass spectrometry, Current Opinion in Chemical Biology 2004; 8: 33-4
• [21] Hakomori S. 2002. Glycosylation defining cancer malignancy: New wine in an old bottle. Commentary 99 (16): 10231-10233
• [22] Nezlin R. 2014. Aptamers in immunological research. Immunol Lett. 162 (2 Pt B):252-5
• [23] Marczak Ł. 2009. Oznaczanie modyfikacji potranslacyjnych białek metodami spektrometrii mas. Biotechnologia 2 (85) 27-38
• [24] Ti-Hsuan Ku, Tiantian Zhang, Hua Luo, Tony M. Yen Ping-Wei, Chen Yuanyuan Han, Yu-Hwa Lo. 2015. Nucleic Acid Aptamers: An Emerging Tool for Biotechnology and Biomedical Sensing. Sensors 15(7), 16281-16313
• [25] Jakóbisiak M., Przeciwciała monoklonalne, Immunologia, red. Gołąb J., Jakóbisiak M., Lasek W., wydaw. PWN, 2005, s. 45-53
• [26] Crane R., Gadea B., Littlepage L., Wu H., Ruderman J. V. 2004. Aurora A, meiosis and mitosis. Biol Cell. 96(3):215-29
• [27] Łuczak M., Figlerowicz M., Wojtaszek P. 2009. Aspekty metodyczne analiz proteomicznych z wykorzystaniem metod elektroforezy dwukierunkowej i spektrometrii mas. Biotechnologia. 2 (85) 7-26 2009

Uwagi

PL

Opracowanie rekordu w ramach umowy 509/P-DUN/2018 ze środków MNiSW przeznaczonych na działalność upowszechniającą naukę (2019).