Revisiting the Nowosiółka skull with RMaCzek

• Autorzy: Bartoszek Krzysztof

Identyfikatory

DOI

10.14708/ma.v50i2.7164

Warianty tytułu

PL

Analiza czaszki z Nowosiółki z użyciem pakietu RMaCzek

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

One of the first fully quantitative distance matrix visualization methods was proposed by Jan Czekanowski at the beginning of the previous century. Recently, a software package, RMaCzek, was made available that allows for producing such diagrams in R. Here we reanalyze the original data that Czekanowski used for introducing his method, and in the accompanying code show how the user can specify their own custom distance functions in the package.

PL

Na początku zeszłego stulecia Jan Czekanowski, polski antropolog oraz statystyk, zaproponował jedną z pierwszych obiektywnych metod uporządkowania oraz zobrazowania macierzy odległości. W 2019 roku został opracowany oraz udostępniony pakiet RMaCzek, który pozwala na tworzenie diagramów Czekanowskiego w środowisku R. W niniejszej pracy dokonano ponownej analizy danych, które posłużyły Czekanowskiemu do zaprezentowania własnej metody oraz zaproponowano, jak w pakiecie RMaCzek użytkownik może wprowadzać własną funkcję odległości.

Słowa kluczowe

EN

Czekanowski’s diagram; craniometry; human evolution; multivariate distance methods

PL

diagram Czekanowskiego; kraniometria; metody odległości wielocechowych; rozwój ludzkości

• Wydawca: Polskie Towarzystwo Matematyczne
• Czasopismo: Mathematica Applicanda
• Rocznik: 2022
• Tom: Vol. 50, no. 2
• Strony: 255--266
• Opis fizyczny: Bibliogr. 18 poz., wykr.

Twórcy

autor

Bartoszek Krzysztof

• Linköping University Department of Computer and Information Science The Division of Statistics and Machine Learning Linköping University, 581 83, Linköping, Sweden

• https://orcid.org/0000-0002-5816-4345

Bibliografia

• [1] Bar-Joseph Z., Demaine E.D., Gifford D.K., Jaakkola T., Fast optimal leaf ordering for hierarchical clustering, Bioinformatics, 2001, 17(1), 22-29.
• [2] Bartoszek K., Västerlund A., “Old Techniques for New Times”: the RMaCzek package, Biomet. Let., 2020, 2, 89-118.
• [3] J. Bertin. Sémiologie Graphique. Gauthier-Villars, Mouton, Paris, 1967.
• [4] Czekanowski J., Zur Differentialdiagnose der Neandertalgruppe, Korespondentblatt der Deutschen Gesellschaft für Anthropologie, Ethnologie und Urgeschichte, 1909 XL(6/7), 44-47.
• [5] Z. Gu. Complex heatmap visualization. iMeta, 1:e43, 2022.
• [6] Z. Gu, R. Eils, and M. Schlesner. Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data. Bioinformatics, 32(18):2847-2849, 2016.
• [7] Hahsler M., Hornik K., Buchta C., Getting things in order: An introduction to the R package seriation, J. Stat. Softw., 2008, 25(3), 1-34.
• [8] I. Liiv. Seriation and matrix reordering methods: An historical overview. Stat. Anal. Data. Min., 3(2):70-91, 2010.
• [9] T. Loua. Atlas statistique de la population de Paris. J. Dejey, Paris, 1873.
• [10] R Core Team, R: A Language and Environment for Statistical Computing, R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, 2019. https://www.R-project.org/.
• [11] Sankararaman S., Mallick S., Dannemann M., Prüfer K., Kelso J., Pääbo S., Patterson N., Reich D., The genomic landscape of neanderthal ancestry in present-day humans, Nature, 2014, 507(7492), 354-357.
• [12] Schwalbe G.A., Studien zur Vorgeschichte des Menschen, E. Nägele, Stuttgart, 1906.
• [13] Sołtysiak A., Jaskulski P., Czekanowski’s diagram. A method of multidimensional clustering, in New Techniques for Old Times. CAA 98. Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology. Proceedings of the 26th Conference, Barcelona, March 1998, pages 175-184. Oxford, number 757 in BAR International Series, 1999.
• [14] Sołtysiak A. and Kozłowski T., Komentarz do identyfikacji Cranium 13/05 z Fromborka jako kości Mikołaja Kopernika. Archeologia Polski, 2009, LIV(2), 281-290.
• [15] Stołyhwo K., Czaszka z Nowosiółki jako dowód istnienia w okresie historycznym kształtów pokrewnych z Homo primigenius. Rozprawy Wydziału matematyczno-przyrodnicznego Akademii Umiejętności, 1908, XLVIII(B) 1-27.
• [16] Västerlund A., Czekanowski’s Diagram: Implementing and exploring Czekanowski’s Diagram with different seriation methods, 2019, MSc thesis, Division for Statistics and Machine Learning, Department of Computer and Information Science, Linköping University.
• [17] L. Wilkinson and M. Friendly. The history of the cluster heat map. Am. Stat., 63(2):179-184, 2009.
• [18] S. Zhao, Y. Guo, Q. Sheng, and Y. Shyr. Advanced heat map and clustering analysis using heatmap3. Adv. Comput. Genom., page Article ID 986048, 2014.

Uwagi

PL

Opracowanie rekordu ze środków MEiN, umowa nr SONP/SP/546092/2022 w ramach programu "Społeczna odpowiedzialność nauki" - moduł: Popularyzacja nauki i promocja sportu (2022-2023).