Narzędzia help

Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
next last
cannonical link button

http://yadda.icm.edu.pl:443/baztech/element/bwmeta1.element.baztech-066a77e4-5376-4ff8-8772-547e6f6ba095

Czasopismo

Chemik

Tytuł artykułu

Współczesne strategie przeszukiwania baz struktur i związków chemicznych

Autorzy Fic, G.  Skomra, M.  Dębska, B. 
Treść / Zawartość
Warianty tytułu
EN Current strategies for searching through structure and chemical compound databases
Języki publikacji PL, EN
Abstrakty
PL Przedyskutowano wybrane zagadnienia związane z formułowaniem kwerend wyszukiwawczych oraz strategiami przeszukiwania internetowych baz struktur i związków chemicznych. Szczególną uwagę zwrócono na najnowsze rozwiązania w tym zakresie, w tym na strategie bazujące na koncepcjach rozmytych podstruktur, strategie 2D i 3D podobieństwa chemicznego, ontologiczne oraz podobieństwa typu struktura-właściwości.
EN We discuss selected problems concerning the searching strategies and formulation of searching queries in databases of structures and compounds. We pay special attention to strategies based on fuzzy substructures, 2D and 3D chemical similarity, ontology strategies, and structure-properties similarities.
Słowa kluczowe
PL bazy struktur i związków chemicznych   wyszukiwanie informacji strukturalnej   podobieństwo chemiczne   struktura-właściwości   ontologie chemiczne  
EN structure and chemical compound databases   searching for structural information   chemical similarity   structure-property   chemical ontology  
Wydawca Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego, ZW CHEMPRESS-SITPChem
Czasopismo Chemik
Rocznik 2016
Tom Vol. 70, nr 8
Strony 410--418
Opis fizyczny Bibliogr. 19 poz., rys., tab.
Twórcy
autor Fic, G.
autor Skomra, M.
  • Wydział Chemiczny, Politechnika Rzeszowska
autor Dębska, B.
  • Wydział Chemiczny, Politechnika Rzeszowska
Bibliografia
1. Entrez, the Life Sciences Search Engine, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ sites/gquery.
2. SMILES – A Simplified Chemical Language, Daylight Chemical Information Systems, Inc. 2011, http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/ theory.smiles.html.
3. The IUPAC International Chemical Identifier, IUPAC, 2012, http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html; Heller S., McNaught A., Stein S., Tchekhovskoi D., Pletnev I.: InChI – the worldwide chemical structure identifier standard. J. Cheminform. 2013, 5, 7, http://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/1758–2946–5-7.
4. Heller S.R., McNaught A., Pletnev I., Stein S., Tchekhovskoi D.: InChI, the IUPAC International Chemical Identifier. J. Cheminform. 2015, 7, 23, http://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/s13321–015–0068–4.
5. Williams A.: An InChIkey Collision is Discovered and NOT Based on Stereochemistry, 2011, http://www.chemconnector.com/2011/09/01/an-inchikey-collision-is-discovered-and-not-based-on-stereochemistry/.
6. Hippe Z.S., Fic G., Nowak G.: Representation of Common Sense in Chemical Syntheses by Means of Molecular Graphs, Found. Comput. Decision Sci. 1994, 19, 21–30; Dębska B., Guzowska-Świder B.: Fuzzy Definition of Molecular Fragments in Chemical Structures. J. Chem. Inf. Comput Sci., 2000, 40, 325–329.
7. SMARTS – A Language for Describing Molecular Patterns, Daylight Chemical Information Systems, Inc. 2011, http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html.
8. dokładna specyfikacja: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/specifications/pubchem_fingerprints.pdf.
9. Open Babel v2.3.0 documentation, http://openbabel.org/docs/dev/.
10. MayaChemTools: MACCS, 2015, http://www.mayachemtools.org/docs/modules/html/MACCSKeys.html.
11. Rogers D., Hahn M.: Extended-Connectivity Fingerprints. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50(5), 742–754.
12. Todeschini R., Consonni V.: Molecular Descriptors for Chemoinformatics. Wiley-VCH, 2009.
13. Pearlman R.S., Smith K.M.: Metric Validation and the Receptor-Relevant Subspace Concept. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999, 39(1), 28–35.
14. www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.finger.html.
15. Todeschini R., Consonni V.: Handbook of Molecular Descriptors. John Wiley&Sons, 2008.
16. Bolton E.E., Kim S., Bryant S.H.: PubChem3D: Similar conformers. J. Cheminform. 2011, 3, 13, http://www.jcheminf.com/content/3/1/13.
17. Reid D., Sadjad B.S., Zsoldos Z., Simon A.: LASSO-ligand activity by surface similarity order: a new tool for ligand based virtual screening. J. Comput. Aided Mol. Des. 2008, 22(6–7), 479–87.
18. Hastings J., de Matos P., Dekker A., Ennis M., Harsha B., Kale N., Muthukrishnan V., Owen G., Turner S., Williams M., Steinbeck C.: The ChEBI reference database and ontology for biologically relevant chemistry: enhancements for 2013, Nucleic Acids Res. 2013, 41(Database issue):D456–63, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531142/.
19. Nowak G., Fic G.: Komputerowe projektowanie wieloetapowych syntez organicznych – stan aktualny i kierunki rozwoju. Przem. Chem. 2011, 90(1), 78-83.
Uwagi
Opracowanie ze środków MNiSW w ramach umowy 812/P-DUN/2016 na działalność upowszechniającą naukę.
Kolekcja BazTech
Identyfikator YADDA bwmeta1.element.baztech-066a77e4-5376-4ff8-8772-547e6f6ba095
Identyfikatory