Współczesne strategie przeszukiwania baz struktur i związków chemicznych

• Autorzy: Fic G. , Skomra M. , Dębska B.

Warianty tytułu

EN

Current strategies for searching through structure and chemical compound databases

• Języki publikacji: PL EN

Abstrakty

PL

Przedyskutowano wybrane zagadnienia związane z formułowaniem kwerend wyszukiwawczych oraz strategiami przeszukiwania internetowych baz struktur i związków chemicznych. Szczególną uwagę zwrócono na najnowsze rozwiązania w tym zakresie, w tym na strategie bazujące na koncepcjach rozmytych podstruktur, strategie 2D i 3D podobieństwa chemicznego, ontologiczne oraz podobieństwa typu struktura-właściwości.

EN

We discuss selected problems concerning the searching strategies and formulation of searching queries in databases of structures and compounds. We pay special attention to strategies based on fuzzy substructures, 2D and 3D chemical similarity, ontology strategies, and structure-properties similarities.

Słowa kluczowe

PL

bazy struktur i związków chemicznych; wyszukiwanie informacji strukturalnej; podobieństwo chemiczne; struktura-właściwości; ontologie chemiczne

EN

structure and chemical compound databases; searching for structural information; chemical similarity; structure-property; chemical ontology

• Wydawca: Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego, ZW CHEMPRESS-SITPChem
• Czasopismo: Chemik
• Rocznik: 2016
• Tom: Vol. 70, nr 8
• Strony: 410--418
• Opis fizyczny: Bibliogr. 19 poz., rys., tab.

Twórcy

autor

Fic G.

• Wydział Chemiczny, Politechnika Rzeszowska

autor

Skomra M.

• Wydział Chemiczny, Politechnika Rzeszowska

autor

Dębska B.

• Wydział Chemiczny, Politechnika Rzeszowska

Bibliografia

• 1. Entrez, the Life Sciences Search Engine, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ sites/gquery.
• 2. SMILES – A Simplified Chemical Language, Daylight Chemical Information Systems, Inc. 2011, http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/ theory.smiles.html.
• 3. The IUPAC International Chemical Identifier, IUPAC, 2012, http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html; Heller S., McNaught A., Stein S., Tchekhovskoi D., Pletnev I.: InChI – the worldwide chemical structure identifier standard. J. Cheminform. 2013, 5, 7, http://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/1758–2946–5-7.
• 4. Heller S.R., McNaught A., Pletnev I., Stein S., Tchekhovskoi D.: InChI, the IUPAC International Chemical Identifier. J. Cheminform. 2015, 7, 23, http://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/s13321–015–0068–4.
• 5. Williams A.: An InChIkey Collision is Discovered and NOT Based on Stereochemistry, 2011, http://www.chemconnector.com/2011/09/01/an-inchikey-collision-is-discovered-and-not-based-on-stereochemistry/.
• 6. Hippe Z.S., Fic G., Nowak G.: Representation of Common Sense in Chemical Syntheses by Means of Molecular Graphs, Found. Comput. Decision Sci. 1994, 19, 21–30; Dębska B., Guzowska-Świder B.: Fuzzy Definition of Molecular Fragments in Chemical Structures. J. Chem. Inf. Comput Sci., 2000, 40, 325–329.
• 7. SMARTS – A Language for Describing Molecular Patterns, Daylight Chemical Information Systems, Inc. 2011, http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html.
• 8. dokładna specyfikacja: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/specifications/pubchem_fingerprints.pdf.
• 9. Open Babel v2.3.0 documentation, http://openbabel.org/docs/dev/.
• 10. MayaChemTools: MACCS, 2015, http://www.mayachemtools.org/docs/modules/html/MACCSKeys.html.
• 11. Rogers D., Hahn M.: Extended-Connectivity Fingerprints. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50(5), 742–754.
• 12. Todeschini R., Consonni V.: Molecular Descriptors for Chemoinformatics. Wiley-VCH, 2009.
• 13. Pearlman R.S., Smith K.M.: Metric Validation and the Receptor-Relevant Subspace Concept. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999, 39(1), 28–35.
• 14. www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.finger.html.
• 15. Todeschini R., Consonni V.: Handbook of Molecular Descriptors. John Wiley&Sons, 2008.
• 16. Bolton E.E., Kim S., Bryant S.H.: PubChem3D: Similar conformers. J. Cheminform. 2011, 3, 13, http://www.jcheminf.com/content/3/1/13.
• 17. Reid D., Sadjad B.S., Zsoldos Z., Simon A.: LASSO-ligand activity by surface similarity order: a new tool for ligand based virtual screening. J. Comput. Aided Mol. Des. 2008, 22(6–7), 479–87.
• 18. Hastings J., de Matos P., Dekker A., Ennis M., Harsha B., Kale N., Muthukrishnan V., Owen G., Turner S., Williams M., Steinbeck C.: The ChEBI reference database and ontology for biologically relevant chemistry: enhancements for 2013, Nucleic Acids Res. 2013, 41(Database issue):D456–63, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531142/.
• 19. Nowak G., Fic G.: Komputerowe projektowanie wieloetapowych syntez organicznych – stan aktualny i kierunki rozwoju. Przem. Chem. 2011, 90(1), 78-83.

Uwagi

Opracowanie ze środków MNiSW w ramach umowy 812/P-DUN/2016 na działalność upowszechniającą naukę.