Nowa wersja platformy, zawierająca wyłącznie zasoby pełnotekstowe, jest już dostępna.
Przejdź na https://bibliotekanauki.pl

PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
Czasopismo
2014 | Vol. 35, nr 1 | 57--68
Tytuł artykułu

Przewidywanie struktury drugorzędowej białek metodą słownikową

Warianty tytułu
EN
Dictionary supported protein secondary structure prediction
Języki publikacji
PL
Abstrakty
EN
This paper describes a method of predicting the secondary structure of proteins, based on dictionaries of subsequences. These subsequences are derived from records available in the PDB database. Depending on the construction of the learning set, accuracies of up to 79% have been achieved. Dictionaries use hashing functions, which make them fast and capable of storing large sets of substrings.
PL
W artykule opisano sposób przewidywania struktury drugorzędowej białek, oparty na słownikach podciągów. Sekwencje te są pobierane z danych dostępnych w bazie danych PDB. W zależności od konstrukcji zestawu uczącego, osiągnięto dokładność do 79%. Do szybkiego dostępu do słowników zawierających dużą liczbę podciągów zastosowano funkcje mieszające.
Wydawca

Czasopismo
Rocznik
Strony
57--68
Opis fizyczny
Bibliogr. 19 poz.
Twórcy
autor
  • Politechnika Śląska, Instytut Informatyki, ul. Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Polska, Piotr.Fabian@polsl.pl
autor
Bibliografia
  • 1. Chou P. Y., Fasman G. D.: Conformational parameters for amino acids in helical, beta-sheet, and random coil regions calculated from proteins, Biochemistry, 13(2), 1974, p. 211-222.
  • 2. Cormen T. H., Leiserson C. E., Rivest R. L., Stein C.: Introduction to Algorithms. MIT Press, 1990.
  • 3. Garnier J., Osguthorpe D. J., Robson B.: Analysis of the accuracy and implications of simple methods for predicting the secondary structure of globular proteins, Journal of Molecular Biology 120, Academic Press, 1978, p. 97-120.
  • 4. Jones D. T.: Protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices, Journal of molecular biology 292(2), Academic Press, 1999, p. 195-202.
  • 5. Joosten R., te Beek T., Krieger E., Hekkelman M., Hooft R., Schneider R., Sander C., Vriend, G: A series of pdb related databases for everyday needs, Nucleic Acids Research vol. 39, Oxford University Press, 2011, p. D411-D419.
  • 6. Kabsch W., Sander C: Dictionary of protein secondary structure: Pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features, Biopolymers 22(12), 1983, p. 2577-2637.
  • 7. Kabsch W., Sander C.: A database of secondary structure assignments (and much more) for all protein entries in the protein data bank (pdb), website http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/, access: 2012.
  • 8. Lim V.: Algorithms for prediction of a-helical and |3-structural regions in globular proteins. Journal of Molecular Biology 88(4), Elsevier, 1974, p. 873-894.
  • 9. Lin H., Sung T., Ho S., Hsu W.: Improving protein secondary structure prediction based on short subsequences with local structure similarity, BMC Genomics 11 Suppl 4, BioMed Central, 2010, p. S4.
  • 10. Nguyen M. N., Rajapakse J. C: Two-stage multi-class support vector machines to protein secondary structure prediction. Pacific Symposium on Biocomputing, 2005, p. 346-357.
  • 11. Pollastri G., McLysaght A.: Porter: a new, accurate server for protein secondary structure prediction. Bioinformatics 21(8), 2005, p. 1719-1720.
  • 12. Przybylski D., Rost B.: Alignments grow, secondary structure prediction improves. Proteins: Structure, Function, and Genetics 46(2), 2002, p. 197-205.
  • 13. Rost B.: Rising accuracy of protein secondary structure prediction. Dekker, 2003, p. 207-249.
  • 14. Rost B., Sander C.: Prediction of protein secondary structure at better than 70% accuracy. Journal of Molecular Biology 232(2), 1993, p. 584-599.
  • 15. Rost B., Sander C, Schneider R: Redefining the goals of protein secondary structure prediction. Journal of Molecular Biology 235(1), 1994, p. 13-26.
  • 16. Stąpor K.: Metody klasyfikacji obiektów w wizji komputerowej. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
  • 17. Tramontano A.: Protein structure prediction: concepts and applications, Wiley-VCH, 2006.
  • 18. Ward J. J., McGuffin L. J., Buxton B. F., Jones, D. T.: Secondary structure prediction with support vector machines. Bioinformatics 19(13), 2003, p. 1650-1655.
  • 19. Zemla A., Venclovas C., Fidelis K., Rost B.: A modified definition of sov, a segment-based measure for protein secondary structure prediction assessment, Proteins 34, 1999, p. 220-223.
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikatory
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.baztech-37440f7b-0994-4b2b-9250-1b7fbb53f380
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.