Nowa wersja platformy jest już dostępna.
Przejdź na https://bibliotekanauki.pl

PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
Czasopismo
2012 | 10 | 3 | 582-586
Tytuł artykułu

Constrained thermal denaturation of DNA under fixed linking number

Treść / Zawartość
Warianty tytułu
Języki publikacji
EN
Abstrakty
EN
A DNA molecule with freely fluctuating ends undergoes a sharp thermal denaturation transition upon heating. However, in circular DNA chains and some experimental setups that manipulate single DNA molecules, the total number of turns (linking number) is constant at all times. The consequences of this additional topological invariant on the melting behaviour are nontrivial. Below, we investigate the melting characteristics of a homogeneous DNA where the linking number along the melting curve is preserved by supercoil formation in duplex portions. We obtain the mass fraction and the number of loops and supercoils below and above the melting temperature. We also argue that a macroscopic loop appears at T c and calculate its size as a function of temperature.
Słowa kluczowe
Wydawca

Czasopismo
Rocznik
Tom
10
Numer
3
Strony
582-586
Opis fizyczny
Daty
wydano
2012-06-01
online
2012-06-17
Twórcy
Bibliografia
  • [1] R.M. Wartell, A.S. Benight, Phys. Rep. 126, 67 (1985) http://dx.doi.org/10.1016/0370-1573(85)90060-2[Crossref]
  • [2] B. Alberts et al., Essential cell biology (Garland Science, New York, 2004)
  • [3] I. Rouzina, V.A. Bloomfield, Biophys. J. 80, 882 (2001) http://dx.doi.org/10.1016/S0006-3495(01)76067-5[Crossref]
  • [4] S. Cocco, R. Monasson, J.F. Marko, P. Natl. Acad. Sci. USA 98, 8608 (2001) http://dx.doi.org/10.1073/pnas.151257598[Crossref]
  • [5] D. Marenduzzo, A. Trovato, A. Maritan, Phys. Rev. E, 64, 031901 (2001) http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.64.031901[Crossref]
  • [6] A. Marziali, M. Akeson, Anu. Rev. Biomed Eng. 3, 195 (2001) http://dx.doi.org/10.1146/annurev.bioeng.3.1.195[Crossref]
  • [7] M.E. Fisher, J. Chem. Phys. 45, 1469 (1966) http://dx.doi.org/10.1063/1.1727787[Crossref]
  • [8] D. Poland, H.A. Scheraga, J. Chem. Phys. 45, 1456 (1966) http://dx.doi.org/10.1063/1.1727785[Crossref]
  • [9] B. Duplantier, J. Stat. Phys. 54, 581 (1989) http://dx.doi.org/10.1007/BF01019770[Crossref]
  • [10] Y. Kafri, D. Mukamel, L. Peliti, Phys. Rev. Lett. 85, 4988 (2000) http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.85.4988[Crossref]
  • [11] Z. Bryant et al., Nature 424, 338 (2003) http://dx.doi.org/10.1038/nature01810[Crossref]
  • [12] E.J. Rensburg, E. Orlandini, D.W. Sumners, M.C. Tesi, S.G. Whittington, J. Phys. A-Math. Gen. 26, L981, (1993) http://dx.doi.org/10.1088/0305-4470/26/19/002[Crossref]
  • [13] J.H. White, Am. J. Math. 91, 693 (1969) http://dx.doi.org/10.2307/2373348[Crossref]
  • [14] J. Rudnick, R. Bruinsma, Phys. Rev. E. 65 030902(R) (2002) http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.65.030902[Crossref]
  • [15] T. Garel, H. Orland, E. Yeramian, arXiv:grqc/ 0407036v1
  • [16] M. Sayar, B. Avşaroğlu, A. Kabakçıoğlu, Phys. Rev. E 81, 041916 (2010) http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.81.041916[Crossref]
  • [17] A. Kabakçıoğlu, E. Orlandini, D. Mukamel, Phys Rev E. 80, 010903(R) (2009)
  • [18] A. Bar, A. Kabakçıoğlu, D. Mukamel, Phys. Rev. E 84, 041935 (2011) http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.84.041935[Crossref]
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikatory
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.-psjd-doi-10_2478_s11534-012-0070-7
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.